O setor de microbiologia realiza exame que norteiam o diagnóstico de doenças infecciosas que dizem respeito, por exemplo, à atividade bacteriana nociva no organismo. Bactérias clinicamente importantes são isoladas e identificadas neste setor.
Principais exames: Urocultura, Hemocultura, Cultura de ferida, cultura de secreção de ouvido.